El Sistema de Salud ofrece atención a los usuarios en las diferentes unidades de acuerdo al nivel de complejidad de los padecimientos (Ver Tríptico "Sistema de Referencia y Contra-referencia de Pacientes"). Para tal efecto, esta atención se ofrece en tres niveles básicos y para diferenciar la complejidad, existe el catálogo de enfermedades por nivel de atención.
Niveles de Atención Médica
En el Primer Nivel, se atienden a pacientes con problemas de salud simples, como catarros, diarreas, caries, pie plano, etc., que habitualmente no ponen en peligro la vida del niño. También realizan el Control del Niño Sano, vacunación, planificación familiar y se dan pláticas sobre alimentación e higiene. En este nivel se ubican los Centros de Salud y Consultorios Públicos.
En el Segundo Nivel, se da atención a niños con problemas que no pudieron ser resueltos en el Primer Nivel, como infecciones respiratorias recurrentes, infecciones en vías urinarias, reflujo gástrico y esofágico, etc., cuentan con áreas de Hospitalización, Quirófano y Servicio de Urgencias las 24 horas del día. En este nivel se ubican los Hospitales Pediátricos, Materno Infantiles, Generales, así como los DIF del Distrito Federal y de otros Estados de la República.
En el Tercer Nivel, se proporcionan servicios de especialidad pediátrica; ya que cuentan con personal médico y equipo para atender enfermedades complejas, como cardiopatías congénitas, padecimientos hemato-oncológicos, nefrológicos y neurológicos, etc., que no pudieron ser tratados en el Primer y/o Segundo Nivel. En este nivel están comprendidos el Hospital Infantil de México Dr. Federico Gómez y el Instituto Nacional de Pediatría. En ellos se realiza Investigación Científica y Enseñanza.